Figlio dei sarti Domenico Saccaggi e Santina Peila, riesce a frequentare l'accademia Albertina di Torino grazie ad una borsa di studio di 500 lire del comune di Tortona. Fu brillante allievo di Giacomo Grosso, Andrea Gastaldi e di Pier Celestino Gilardi. Portati a termine nel 1890 gli studi all'Accademia Albertina trascorre un periodo di perfezionamento a Roma dove entra in contatto con l'ambiente dannunziano della "Roma bizantina", con la pittura dei Preraffaelliti e con quella neopompeiana di Lawrence Alma-Tadema. Nel corso degli anni novanta la sua eclettica produzione spazia da rappresentazioni di scene classiche ed orientali a scene di genere e di costume ambientate in epoche passate, dal Medioevo al Settecento, ad altre ispirate ad un verismo di tono melodrammatico. Egli realizza, altresì, il grande affresco della VII stazione della via Crucis nella Chiesa di San Gioacchino (Torino), restaurato poi nel 1943, a seguito dei bombardamenti alleati su Torino.

Nel 1895 partecipa alla Permanente di Milano e a tre successive edizioni della Biennale di Venezia. Nel 1900 ottiene la medaglia di bronzo all’Esposizione Internazionale Universale di Parigi con il pastello Alma Natura Ave. All'inizio del Novecento soggiorna per alcuni anni a Parigi dove partecipa all'Esposizione universale di inizio secolo e a tre edizioni del Salon, dedicandosi con grande successo all'attività grafica in stile liberty in collaborazione con la Maison Goupil.

Pittore molto versatile e abile nell’uso di diversi media, dal pastello all’acquarello all’olio.
A Parigi realizza anche opere pubblicitarie.

La sua notorietà, in ogni caso, è soprattutto legata alle tematiche simboliste, in cui riesce ad esprimersi al meglio.

Tornato a Tortona, non indifferente allo scoppio del primo conflitto mondiale, realizza una serie di cartoline illustrate dal titolo "Visioni di guerra", di cui fanno parte la cartolina “interventista” Redemptio, Il nonno, La madre, La preghiera per il soldato e l’olio Consolatrix afflictorum per il convitto ecclesiastico di Tortona. Intorno agli anni '20 intraprende un viaggio con l'allievo Antonio Enrico (1906-1970) che lo vide percorrere tutta l'Italia e gran parte dell'Europa.
Muore a Tortona il 3 gennaio 1934 ed è ivi sepolto presso il cimitero cittadino.

 Nel 2008, in occasione dell'omonima mostra, è stato girato il cortometraggio sulla sua vita dal titolo Cesare Saccaggi, tra eros e pan, a cura di A. Fossati.